Beseda protokol nakazuje, da gre za sledenje natančno določenim navodilom vezanim na aplikacijo hormonske terapije. Cilj stimulacije jajčnikov je, da se v istem menstrualnem ciklu razvije več jajčnih celic (čim boljše kvalitete), ki se jih nato oplodi in upa na razvoj večjega števila dobrih zarodkov. Načeloma se na enkrat v maternico prenese enega, izjemoma dva, ostale, ki so dovolj razviti pa zamrzne in ponovno odmrzne ter prenese, če se prejšnji zarodek ni obdržal ali ko se par odloči za še enega otroka. Danes je bolj pogosto uporabljen kratek protokol, ker je za žensko manj obremenilen, včasih pa je bil bolj v uporabi dolgi IVF protokol. Oba se lahko od klinike do klinike nekoliko razlikujeta in se v manjši meri tudi prilagodita vsaki posamezni ženski (kot je višina doze hormonske terapije) a generalno gledano ni bistvenih razlik med klinikami. Ginekolog bo lahko ženski enkrat predpisal kratek protokol in v naslednjem poskusu dolgega, lahko se bo tudi odločil za drugo zdravilo ali dozo. Vse je odvisno od tega, kako bo ženska reagirala na terapijo, torej koliko jajčnih celic se bo razvilo in kakšne kvalitete bodo. Načeloma velja, da je v dolgem protokolu IVF boljši nadzor nad potekom zdravljenja in se razvije večje število jajčec, ni pa bistvene razlike s kratkim protokolom. Kljub temu da je razlika majhna, je smiselno poskusiti tudi z dolgim protokolom, saj je v bistvu dovolj, da se pridobi ena dobra celica več.  

Preprosto povedano se v dolgem protokolu najprej zaustavi naravno proizvodnjo gonadotropinov in spolnih hormonov nato pa dodaja umetne gonadotropine zaradi česar naj bi se jajčniki bolje odzvali in na tak način proizvedli večje število foliklov in jajčnih celic. 

V mojem primeru je bil odziv nekoliko boljši a še vedno ni pripeljal do zanositve, zato se je ginekologinja odločila za vrnitev na kratek protokol. 

Dolgi protokol v IVF se odsvetuje ženskam s PCOS, ker obstaja večja verjetnost za razvoj sindroma hiperstimulacije jajčnikov, na splošno pa je tudi bolj obremenjujoč za ženske, ker imajo uporabljena zdravila zaradi daljšega časa aplikacije lahko več neprijetnih stranskih učinkov.  

V dolgem protokolu IVF ženska začne z dajanjem podkožnih injekcij 21. ali 22. dan menstrualnega cikla, pri čemer se šteje prvi dan cikla prvi dan menstruacije. Dolgi protokol IVF je pravzaprav sestavljen iz dveh faz. V prvi fazi, ki traja približno 2 tedna se navadno subkutano (preko kratke igle v maščevje, ne v mišico) aplicira zdravilo za zaustavitev naravne proizvodnje gonadotropinov in spolnih hormonov oz. za mirovanje naravnega menstrualnega cikla. Po domače rečemo, da se žensko spravi v umetno menopavzo. Za to se uporablja zdravila, ki jim rečemo GnRH agonisti oziroma agonisti gonadotropin-sproščujočega hormona, to so na primer Suprefact, Gonapeptyl in Diphereline, ki zelo zmanjšajo izločanje hormonov FSH in LH, odgovorna za ovulacijo. V teh 2 tednih pride menstruacija, po kateri se opravi UZ, na katerem se pogleda, ali reproduktivni organi zares mirujejo.  

Če je vse v redu, se že obstoječemu zdravilu doda še enega, s katerim se začne drugi del cikla in s tem tudi začetek stimulacije jajčnikov. Takrat se začne z injekcijami gonadotropinov. Najpogostejša zdravila so Gonal F, Puregon, Bemfola, Pergoveris in Menopur, ki se jih lahko aplicira le subkutano. Po približno enem tednu apliciranja obeh zdravil se začne z ultrazvočnim spremljanjem rasti foliklov in glede na njihovo rast se določa za koliko dni se podaljša njuna aplikacija. Ko so folikli dovolj zreli (veliki) se določi dan za t.i. stop injekcijo, ki si jo ženska aplicira 36 ur pred napovedano aspiracijo jajčnikov, torej pred odvzemom jajčec s punkcijo. Namen stop injekcije je dokončna dozoritev jajčnih celic. Isti dan kot se ženski opravi punkcija, partner odda sveže seme. Odvzeta jajčeca se nato oplodi s semenčicami po klasični IVF metodi ali ICSI metodi in čaka 3 do 5 dni. V tem času se spremlja razvoj zarodka. Če vse poteka v redu, se načeloma 5. dan (lahko pa tudi 2. ali 3.) zarodek prenese v maternico in nato 15. dan opravi krvni test nosečnosti v kolikor že prej ne pride menstruacija. Ženska začne en dan po aspiraciji še s podporno terapijo s progesteronom (Estima, Utrogestan, Crinone gel), ki si jih  3x na dan (oziroma po navodilih) vstavlja v nožnico toliko tednov kot ji predpiše zdravnik (do največ 12 tednov) ali do nastopa menstruacije, če do nosečnosti po prenosu ne pride. Naloga progesterona je priprava sluznice maternice na sprejem in ugnezditev zarodka, preprečuje krčenje maternice ter pomaga pri vzdrževanju nosečnosti. 

Mnenja o tem, ali je dolgi protokol IVF boljši od kratkega ali ne, so trenutno različna. Praksa namreč kaže, da je potrebno upoštevati različne indikacije, ki odločajo o tem, kateri protokol se izbere in bo prinesel rezultat, ki si ga želimo, torej nosečnost.